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DNAmoreDB,DNA酶数据库
栏目:最新研究动态 发布时间:2021-10-28
DNA酶的潜力吸引了来自非常不同领域的科学家,最终导致它们作为生物传感器、治疗剂和纳米技术工具的应用......

DNA酶,也称为脱氧核酶,是合成的单链 DNA 分子,能够催化化学反应。该催化剂家族于 1994 年发现,具有所需的特性,例如成本低、易于合成、坚固耐用,以及单独或与纳米材料结合对各种工艺的适应性和适用性。迄今已知的DNA酶已经通过体外选择或SELEX方法分离。自从发现第一个DNA酶,一种依赖于铅的 RNA 切割脱氧核酶,数百种脱氧核酶被分离出来,增加了脱氧核糖核酸能够催化的不断增长的反应库。用于 RNA 连接、RNA 切割、肽侧链修饰和DNA水解的 DNA酶是最受追捧的DNA催化剂类型。DNA酶的潜力吸引了来自非常不同领域的科学家,最终导致它们作为生物传感器、治疗剂和纳米技术工具的应用。




目前,文献中已经报道了超过1500种不同的 DNA酶序列,占至少20种不同的催化活性。DNA酶序列通常在GenBank等公共序列数据库中不可用,但那些已确定其3D结构的除外。此外,出版物通常在文章正文中报告活性序列。然而,经常在补充信息中报告,因此,很难检索到DNA酶序列。作者开发了DNAmoreDB数据库(http://www.genesilico.pl/DNAmoreDB)作为一个单一的在线资源,用于存储和组织不同级别的 DNA酶信息,以促进他们的研究,识别已经存在的 DNA酶,并将新选择的序列与数据库中的序列进行比较。




数据库情况

当前(截至 2020 9 21 日)版本的 DNAmoreDB 包含来自 116 篇已发表参考文献的 1782 个序列。DNAmoreDB的主页介绍了该数据库并提供了几个功能的快速链接。例如,可以通过关键字查询数据库,查看可以浏览的页面,以及访问序列搜索工具。工具栏显示所有数据库的页面和一个用于查询数据库内容的搜索栏。




       DNAmoreDB数据库可以通过关键字进行查询、查看可以浏览的页面并访问序列搜索工具,工具栏显示所有数据库的页面和一个用于查询数据库内容的搜索栏。数据库中存在的DNA酶根据它们催化的反应进行分类,这种分类允许用户在浏览DNAs时应用过滤器页面,可以从工具栏和主页上的快速链接访问。DNAs中的“默认”选项一般仅显示文章正文中报告的DNA酶,用户可以根据不同的标准对条目进行排序,以粗体字符显示的序列表明单个条目页面包含有关反应产率和速率常数的信息。